Svět bez Boha: Ateismus jako druh náboženské zkušenosti (s Anselmem Grünem). NLN 2017
Bóg zagubiony. Wiara w objęciach niewiary. WAM, 2017
2016
Gott los werden? - Wenn Glaube und Unglaube sich umarmen (A.Grün & T.Halík). Vier-Türme-Verlag, 2016
I Want You to Be: On the God of Love. University of Notre Dame Press 2016
De nacht van de biechtvader. Christelijk geloof in een tijd van onzekerheid. Boekencentrum Uitgevers, 2016
(Vzdáleným nablízku) Hong Kong, 2016
Quero que Tu sejas! Podemos acreditar no Deus do amor? Paulinas, Prior Velho 2016
A Noite do Confessor. A Fé Cristã Num Mundo de Incerteza. Vozes 2016
Toque as feridas. Sobre sofrimento, confiança e a arte da transformação. Vozes 2016
Čas čekat na Boha (Patience with God / Vzdáleným nablízku) 2016
2015
Żyć w dialogu. Impulsy do rozmyślań nad wiarą. Charaktery, 2015
Żyć z tajemnicą. Impulsy do rozmyślań nad wiarą. Charaktery, 2015
Ich will, dass du bist: Über den Gott der Liebe. Herder Verlag 2015
Strpljenje s Bogom, FMC Svjetlo riječi, Sarajevo 2015
O Meu Deus é um Deus Ferido. Paulinas, Prior Velho 2015
Paciência com Deus. Oportunidade Para Um Encontro - Coleção No Espírito. Paulinas, 2015
2014
Obnovíš tvář země: Texty k obnově církve a společnosti z let 1988-1998. NLN 2014
Žít v dialogu: Podněty k promýšlení víry. NLN 2014
All meine Wege sind DIR vertraut. Von der Untergrundkirche ins Labyrinth der Freiheit. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2014
Nicht ohne Hoffnung. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2014
Paciencia con Dios. Cerca de los lejanos. Herder, Barcelona 2014
Donner du temps à l'éternité. La patience envers Dieu. CERF Paris 2014
Chcę, abyś był. Znak, Kraków 2014
A noite do Confessor. A fé cristã numa era de incerteza. Paulinas, Prior Velho 2014
Geduld met God: Twijfel als brug tussen geloven en niet-geloven. Boekencentrum Uitgevers 2014
Tanri'yi sabirla beklemek: Zakkayin öyküsü bizimle devam ediyor. Yeni Anandolu Yayinlari-Yay (Gerçeğe Doğru Kitaplari), Istanbul 2014
2013
Žít s tajemstvím: Podněty k promýšlení víry. NLN 2013
La notte del confessore: La fede cristiana in un tempo di incertezza, Paoline 2013 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005)
Hurra, nie jestem Bogiem! AGORA, Warszawa 2013
Różnorodność pojednana (Rozmowy, Tomasz Dostatni). Znak, Krakow 2013 (Smířená různost)
Berühre die Wunden: Über Leid, Vertrauen und die Kunst der Verwandlung. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2013 (česky: Dotkni se ran, NLN 2008)
Paciência com Deus. Paulinas, Prior Velho 2013
(Patience avec Dieu: l'histoire de Zachée, continue à nous. CERF Paris 2013)
2012
Chci, abys byl: Křesťanství po náboženství. NLN 2012
Vicino ai lontani: la pazienza della fede nel dialogo con l'ateismo. Libreria editrice vaticana, Citta del Vaticano 2012 (česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007)
Night of the Confessor: Christian Faith in an Age of Uncertainty. Doubleday/Image, New York–London-Toronto-Sydney-Auckland 2012 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005)
Nachtgedanken eines Beichtvaters: Glaube in Zeiten der Ungewissheit. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2012 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005)
Przenikanie światów: z życia pięciu wielkich religii. Księgarnia św. Jacka, Katowice 2012 (Prolínání světů)
Terpelivist iz Bogom: Zуstrič viri z neviroju. Svichado, Lviv 2012 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku)
Blizu oddaljenim: gorečnost in potrpežljivost v srečevanju vere z nevero. Teološka fakulteta, Lublaň 2012 (Vzdáleným nablízku)
2011
Úvahy na prahu tisíciletí (Ranní zamyšlení na vlnách BBC). NLN 2011
Smířená různost (rozhovory, Tomasz Dostatni). Praha, Portál 2011
Teatr dla aniołów: życie jako religijny eksperyment. Znak, Kraków 2011 (Divadlo pro anděly)
2010
Divadlo pro anděly: Život jako náboženský experiment. NLN 2010
Patience With God: The story of Zacchaeus continuing in us. Doubleday, New York–London-Toronto-Sydney-Auckland 2010 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007)
Geduld mit Gott: Die Geschichte von Zachäus heute: Leidenschaft und Geduld in Zeiten des Glaubens und des Unglaubens. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2010 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007)
Dotknij ran. Znak, Kraków 2010 (Dotkni se ran)
Drzewo ma jescze nadzieję: Kryzys jako szansa. Znak, Kraków 2010 (Stromu zbývá naděje)
Dotakni se ran: duhovnost neravnodušnosti. KUD apokalipsa, Lublaň 2010 (Dotkni se ran)
Nič spovidnika. Misioner, Lviv 2010 (Noc zpovědníka)
A gyóntató éjszakája. Kairosz, Budapest 2010 (Noc zpovědníka)
2009
Úvahy na prahu tisíciletí (Ranní zamyšlení na vlnách BBC). 1. vyd. Praha, Bonaventura 2009
Stromu zbývá naděje: Krize jako šance. NLN 2009
Cierpliwość wobec Boga: Spotkanie wiary z niewiarą. WAM, Kraków 2009 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku)
2005-2008
Dotkni se ran: Spiritualita nelhostejnosti. NLN 2008
Blizu pola: Molk na Antarktiki. Društvo apokalipsa, Lublaň 2008 (výběr z: Co je bez chvění)
Vzdáleným nablízku: Vášeň a trpělivost v setkání víry s nevírou. NLN 2007
Noc spowiednika: Paradoksy małej wiary w epoce postoptymistycznej. Księgarnia św. Jacka, Katowice 2007 (Noc zpovědníka)
Wzywany czy niewzywany. WAM, Kraków 2006 (Vzýván i nevzýván)
Zacheuszu! Kazania na niedziele i święta. WAM, Kraków 2006 (Oslovit Zachea, první část)
Prolínání světů: Ze života světových náboženství. NLN 2006
Noc zpovědníka: Paradoxy malé víry v postoptimistické době. NLN 2005
Przemówić do Zacheusza. WAM, Kraków 2005 (Oslovit Zachea, druhá část)
2001-2004
Vzýván i nevzýván: Evropské přednášky k filozofii a sociologii dějin křesťanství. NLN 2004
Co nie jest chwiejne, jest nietrwale. WAM, Kraków 2004 (Co je bez chvění, není pevné)
Oslovit Zachea. (soubor proslovů a kázání). NLN 2003
Co je bez chvění, není pevné: labyrintem světa s vírou a pochybností. NLN 2002
Radziłem się dróg (Rozmowy, Jan Jandourek). W drodze, Poznaň 2001 (Ptal jsem se cest)
1991-2000
Mistica, anima della filosofia? Fondazione nazionale „Vito Fazio-Allmayer“, Palermo 1999
Ptal jsem se cest (rozhovory, Jan Jandourek). 1. vyd. Praha, Portál 1997
Wyzwoleni, jeszcze nie wolni: Czeski katolicyzm przed i po 1989 roku. W drodze, Poznaň 1997
Un proyecto de renovación espiritual. Narcea, Madrid 1996
Víra a kultura: Pokoncilní vývoj českého katolicismu v reflexi časopisu Studie. Praha, Zvon 1995
„Du wirst das Angesicht der erde erneuern“: Kirche und Gesellschaft an der Schwelle zur Freiheit. St.-Benno-Verl., Leipzig 1993 (česky: O přítomnou církev a společnost, 1992)
Sedm úvah o službě nemocným a trpícím. Brno, Cesta 1993
Večerní modlitby. Brno, Cesta 1993
O přítomnou církev a společnost. Praha, Křesťanská akademie 1992