Svět bez Boha: Ateismus jako druh náboženské zkušenosti (s Anselmem Grünem). NLN 2017 - ISBN 978-80-7422-524-6
Obnovíš tvář země: Texty k obnově církve a společnosti z let 1988-1998. NLN 2014 - ISBN 978-80-7422-353-2
Žít v dialogu: Podněty k promýšlení víry. NLN 2014 - ISBN 978-80-7422-286-3
Žít s tajemstvím: Podněty k promýšlení víry. NLN 2013 - ISBN 978-80-7422-255-9
Chci, abys byl: Křesťanství po náboženství. NLN 2012 - ISBN 978-80-7422-177-4
Úvahy na prahu tisíciletí (Ranní zamyšlení na vlnách BBC). NLN 2011 - ISBN 978-80-7422-117-0
Divadlo pro anděly: Život jako náboženský experiment. NLN 2010 - ISBN 978-80-7422-051-7
Stromu zbývá naděje: Krize jako šance. NLN 2009 - ISBN 978-80-7106-989-8
Dotkni se ran: Spiritualita nelhostejnosti. NLN 2008 - ISBN 978-80-7106-979-9
Vzdáleným nablízku: Vášeň a trpělivost v setkání víry s nevírou. NLN 2007 - ISBN 978-80-7106-907-2
Prolínání světů: Ze života světových náboženství. NLN 2006 - ISBN 80-7106-834-9
Noc zpovědníka: Paradoxy malé víry v postoptimistické době. NLN 2005 - ISBN 80-7106-777-6
Vzýván i nevzýván: Evropské přednášky k filozofii a sociologii dějin křesťanství. NLN 2004 - ISBN 80-7106-692-3
Oslovit Zachea. (soubor proslovů a kázání). NLN 2003 - ISBN 80-7106-547-1
Co je bez chvění, není pevné: labyrintem světa s vírou a pochybností. NLN 2002 - ISBN 80-7106-628-1
Knihy v češtině - ostatní
Smířená různost (rozhovory, Tomasz Dostatni). Praha, Portál 2011 - ISBN 978-80-7367-860-9
Úvahy na prahu tisíciletí (Ranní zamyšlení na vlnách BBC). 1. vyd. Praha, Bonaventura 2009 - ISBN 978-80-85197-50-1
Ptal jsem se cest (rozhovory, Jan Jandourek). 1. vyd. Praha, Portál 1997 - ISBN 80-7178-143-6
Víra a kultura: Pokoncilní vývoj českého katolicismu v reflexi časopisu Studie. Praha, Zvon 1995 - ISBN 80-7113-117-2
Sedm úvah o službě nemocným a trpícím. Brno, Cesta 1993 - ISBN 80-85319-27-6
Večerní modlitby. Brno, Cesta 1993 - ISBN 80-85319-21-7
O přítomnou církev a společnost. Praha, Křesťanská akademie 1992 - ISBN 80-900615-5-9
Knihy v angličtině
I Want You to Be: On the God of Love. University of Notre Dame Press 2016 (česky: Chci, abys byl, NLN 2012) - ISBN 978-0-268-10072-8
Night of the Confessor: Christian Faith in an Age of Uncertainty. Doubleday/Image, New York–London-Toronto-Sydney-Auckland 2012 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005) - ISBN 978-0-385-52452-0
Patience With God: The story of Zacchaeus continuing in us. Doubleday, New York–London-Toronto-Sydney-Auckland 2010 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007) - ISBN 978-0-385-52449-0
Knihy v němčině
Gott los werden? - Wenn Glaube und Unglaube sich umarmen (A.Grün & T.Halík). Vier-Türme-Verlag, 2016 - ISBN 978-3-7365-0030-3
Ich will, dass du bist: Über den Gott der Liebe. Herder Verlag, 2015 - ISBN 978-3-451-34757-3
Nicht ohne Hoffnung. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2014 - ISBN 978-3-451-33087-2
All meine Wege sind DIR vertraut. Von der Untergrundkirche ins Labyrinth der Freiheit. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2014 - ISBN 978-3-451-33288-3
Berühre die Wunden: Über Leid, Vertrauen und die Kunst der Verwandlung. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2013 (česky: Dotkni se ran, NLN 2008) - ISBN 978-3-451-30739-3
Nachtgedanken eines Beichtvaters: Glaube in Zeiten der Ungewissheit. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2012 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005) - ISBN 978-3-451-30620-4
Geduld mit Gott: Die Geschichte von Zachäus heute: Leidenschaft und Geduld in Zeiten des Glaubens und des Unglaubens. Herder Verlag, Freiburg-Wien 2010 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007) - ISBN 978-3-451-30382-1
„Du wirst das Angesicht der erde erneuern“: Kirche und Gesellschaft an der Schwelle zur Freiheit. St.-Benno-Verl., Leipzig 1993 (česky: O přítomnou církev a společnost, 1992) - ISBN 3-7462-1079-8
Knihy v italštině
La notte del confessore: La fede cristiana in un tempo di incertezza, Paoline 2013 (česky: Noc zpovědníka, NLN 2005) - ISBN 978-88-3154361-3
Vicino ai lontani: la pazienza della fede nel dialogo con l'ateismo. Libreria editrice vaticana, Citta del Vaticano 2012 (česky: Vzdáleným nablízku, NLN 2007) - ISBN 978-88-209-8916-3
Mistica, anima della filosofia? Fondazione nazionale „Vito Fazio-Allmayer“, Palermo 1999
Knihy ve francouzštině
Donner du temps à l'éternité. La patience envers Dieu. CERF Paris 2014 - ISBN 978-2-204-09737-3
(Původně avizováno jako: Patience avec Dieu: l'histoire de Zachée, continue à nous. CERF Paris 2013)
Knihy v španělštině
Paciencia con Dios. Cerca de los lejanos. Herder, Barcelona 2014 - ISBN 978-84-254-3373-3
Un proyecto de renovación espiritual. Narcea, Madrid 1996 - ISBN 84-277-1174-3
Knihy v portugalštině
Quero que Tu sejas! Podemos acreditar no Deus do amor? Paulinas, Prior Velho 2016 - ISBN 978-989-673-521-0
O Meu Deus é um Deus Ferido. Paulinas, Prior Velho 2015 - ISBN 978-989-673-441-1
A noite do Confessor. A fé cristã numa era de incerteza. Paulinas, Prior Velho 2014 - ISBN 978-989-673-363-6
Paciência com Deus. Paulinas, Prior Velho 2013 - ISBN 978-989-673-258-1
Knihy v brazilské portugalštině
A Noite do Confessor. A Fé Cristã Num Mundo de Incerteza. Vozes 2016 - ISBN 978-8532652102 (8532652107)
Toque as feridas. Sobre sofrimento, confiança e a arte da transformação. Vozes 2016 - ISBN 978-8532652461 (8532652468)
Paciência com Deus. Oportunidade Para Um Encontro - Coleção No Espírito. Paulinas, 2015 - ISBN 978-8535638585 (853563858X)
Knihy v polštině
Bóg zagubiony. Wiara w objęciach niewiary. WAM, 2017 (Svět bez Boha) - ISBN 978-83-277-1297-4
Żyć w dialogu. Impulsy do rozmyślań nad wiarą. Charaktery, 2015 (Žít v dialogu) - ISBN 978-83-6472133-5
Żyć z tajemnicą. Impulsy do rozmyślań nad wiarą. Charaktery, 2015 (Žít s tajemstvím) - ISBN 978-83-6472134-2
Hurra, nie jestem Bogiem! AGORA, Warszawa 2013 - ISBN 978-83-268-1240-8
Różnorodność pojednana (Rozmowy, Tomasz Dostatni). Znak, Krakow 2013 (Smířená různost) - ISBN 978-83-240-2115-4
Przenikanie światów: z życia pięciu wielkich religii. Księgarnia św. Jacka, Katowice 2012 (Prolínání světů) - ISBN 978-83-7030-759-2
Teatr dla aniołów: życie jako religijny eksperyment. Znak, Kraków 2011 (Divadlo pro anděly) - ISBN 978-83-240-1593-1
Dotknij ran. Znak, Kraków 2010 (Dotkni se ran) - ISBN 978-83-240-1306-7
Drzewo ma jescze nadzieję: Kryzys jako szansa. Znak, Kraków 2010 (Stromu zbývá naděje) - ISBN 978-83-240-1412-5
Cierpliwość wobec Boga: Spotkanie wiary z niewiarą. WAM, Kraków 2009 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku) - ISBN 978-83-7505-368-5
Noc spowiednika: Paradoksy małej wiary w epoce postoptymistycznej. Księgarnia św. Jacka, Katowice 2007 (Noc zpovědníka) - ISBN 978-83-7030-534-5
Wzywany czy niewzywany. WAM, Kraków 2006 (Vzýván i nevzýván) - ISBN 83-7318-621-2
Zacheuszu! Kazania na niedziele i święta. WAM, Kraków 2006 (Oslovit Zachea, první část) - ISBN 83-7318-748-0
Przemówić do Zacheusza. WAM, Kraków 2005 (Oslovit Zachea, druhá část) - ISBN 83-7318-531-3
Co nie jest chwiejne, jest nietrwale. WAM, Kraków 2004 (Co je bez chvění, není pevné) - ISBN 83-7318-307-8
Radziłem się dróg (Rozmowy, Jan Jandourek). W drodze, Poznaň 2001 (Ptal jsem se cest) - ISBN 83-7033-349-4
Wyzwoleni, jeszcze nie wolni: Czeski katolicyzm przed i po 1989 roku. W drodze, Poznaň 1997 - ISBN 83-7033-127-0
Knihy v slovinštině
Blizu oddaljenim: gorečnost in potrpežljivost v srečevanju vere z nevero. Teološka fakulteta, Lublaň 2012 (Vzdáleným nablízku) - ISBN 978-961-6844-16-1
Dotakni se ran: duhovnost neravnodušnosti. KUD apokalipsa, Lublaň 2010 (Dotkni se ran) - ISBN 978-961-6644-67-9
Blizu pola: Molk na Antarktiki. Društvo apokalipsa, Lublaň 2008 (výběr z: Co je bez chvění) - ISBN 978-961-6644-34-1
Knihy v chorvatštině
Strpljenje s Bogom, FMC Svjetlo riječi, Sarajevo 2015
Knihy v ukrajinštině
Terpelivist iz Bogom: Zуstrič viri z neviroju. Svichado, Lviv 2012 (Trpělivost s Bohem, česky: Vzdáleným nablízku) - ISBN 978-966-395-599-5
Nič spovidnika. Misioner, Lviv 2010 (Noc zpovědníka) - ISBN 978-966-658-222-8
Knihy v maďarštině
A gyóntató éjszakája. Kairosz, Budapest 2010 (Noc zpovědníka) - ISBN 978-963-662-294-7
Knihy v nizozemštině
De nacht van de biechtvader. Christelijk geloof in een tijd van onzekerheid. Boekencentrum Uitgevers 2016 - ISBN 978-902397066-8
Geduld met God (Zoeken naar God): Twijfel als brug tussen geloven en niet-geloven. Boekencentrum Uitgevers 2014 - ISBN 978-902392766-2
Knihy v turečtině
Tanri'yi sabirla beklemek: Zakkayin öyküsü bizimle devam ediyor. Yeni Anandolu Yayinlari-Yay (Gerçeğe Doğru Kitaplari), Istanbul 2014 - ISBN 978-605647571-9
Knihy v korejštině
Čas čekat na Boha (Patience with God / Vzdáleným nablízku) 2016 - ISBN 978-894191614-7
Knihy v čínštině
Hong Kong 2016 (Vzdáleným nablízku) - ISBN 978-962294248-6